Структурных подразделений нет.
В МБОУ СОШ № 3 действуют согласно Устава ОУ (п.4 Управление учреждением) следующие органы управления:
- Общее собрание трудового коллектива (Положение)
- Педагогический совет (Положение)
- Общешкольный родительский комитет (Положение)
- Орган ученического самоуправления Город Интересных Дел (Положение)